Siyaset Bilimi ve Kamu Yönetimi Bölümü 1956 yılından bu yana doktora derecesi vermektedir. Doktora programlarına 1956 yılında başlanmış, çalışmalar 1981 yılına kadar Fakülte bünyesinde yürütülmüştür. Yükseköğretim sisteminde lisansüstü eğitimin üniversitelerin ilgili enstitüleri bünyesine alınması nedeniyle, çalışmalar 1982 yılından başlayarak Ankara Üniversitesi Sosyal Bilimler Enstitüsü Müdürlüğü çatısı altında sürdürülmüştür. Günümüzde bu sistem sürmektedir. Ancak 1993 yılına kadar tek program olarak sürdürülen lisansüstü eğitim, 1993 yılından başlayarak üç ayrı program haline gelmiştir. Lisansüstü eğitim günümüzde de üç ayrı program halinde yürütülmektedir. Sistemdeki bu değişikliklere bağlı olarak bölüm tarafından üretilen doktora tezlerini şu üç grupta izlemek mümkündür:
1956 – 1981 Yılları Arasında Kabul Edilen Doktora Tezleri
1982 – 1992 Yılları Arasında Kabul Edilen Doktora Tezleri
1993’ten Günümüze Doktora Tezleri: Yönetim Bilimleri
1993’ten Günümüze Doktora Tezleri: Siyaset ve Sosyal Bilimler
1993’ten Günümüze Doktora Tezleri: Kent, Çevre ve Yerel Yönetim Politikaları